Ветеринарний університет в Брно був заснований 12 грудня 1918 року. Це був перший університет, заснований у новоствореній Чехословацькій Республіці. Два основних напрямки університету: загальна ветеринарна медицина та ще одна спеціальність – гігієна харчування.
Є одним із двох факультетів Ветеринарного університету в Брно. В даний час факультет налічує понад 700 аспірантів і 90 докторантів і забезпечує комплексну освіту з діагностики, профілактики та лікування інфекційних і незаразних хвороб тварин, а також базові знання з гігієни харчування тваринного походження. Термін навчання – 6 років.
Факультет ветеринарної гігієни та екології був створений 4 липня 1990 року з метою підготовки фахівців у галузі ветеринарної гігієни та екології, захисту та благополуччя тварин, безпечності та якості харчових продуктів, а також ветеринарних аспектів гастрономії.
Навчання здійснюється за 5-річною магістерською програмою за спеціальністю «Фармацевтика».