Університет Палацького є одним із головних освітніх центрів Чехії. В університеті ведеться серйозна наукова діяльність. Університет Палацького був заснований ще у 16 столітті. Вісім факультетів університету пропонують 840 програм навчання на бакалавраті, в магістратурі та докторантурі.
Університет співпрацює з багатьма провідними університетами світу. Завдяки фінансовій підтримці Європейського Союзу в університеті представлено п’ять наукових центрів.
Філософський факультет, заснований у 1946 році, пропонує студентам більш ніж 600 спеціалізацій широко спектру: гуманітрані та соціальні науки, лінгвістика та мистецтво.
Педагогіний факультет надає вищу освіту майбутнім учителям та іншим педагогічним працівникам для різних типів дитячих садків, початкових і середніх шкіл, шкільних і позашкільних навчальних закладів. Він також зосереджений на підготовці працівників сфери державного управління та самоврядування.
Медичний факультет почав свою діяльність у 1947 році як один із чотирьох факультетів Оломоуцького університету, який був відновлений у 1946 році під назвою Університет Палацького. Факультет забезпечує перш за все навчання в магістратурі та докторантурі, а також безперервну освіту впродовж життя, в тому числі програму «Університет третього віку».
Факультет фізичного виховання складається з восьми кафедр: кафедри прикладної рухової діяльності, кафедри фізіотерапії, кафедри природничих наук у кіноантропології, кафедри рекреації, кафедри соціальних наук у кіноантропології та кафедри спорту, а також Інститут активного способу життя та Центр застосування BALUO.
Природничий факультет є науково-орієнтованим факультетом. Пропонує навчання за бакалаврськими, магістерськими та докторськими програмами навчання з різних галузей математики та інформатики, фізики, хімії, біології та екології, наук про Землю, включаючи навчальні програми, спрямовані на підготовку майбутніх учителів природничих наук.
Кирило-Мефодіївський теологічний факультет є однією з провідних науково-дослідних установ у галузі теології та суміжних галузей у Чеській Республіці.
Юридичний факультет Університету Палацького продовжує багатовікову традицію вищої юридичної освіти в Оломоуці. Його сучасна історія почалася в 1991 році, коли він був створений як перший післяреволюційний юридичний факультет у тодішній Чехословаччині.
Факультет був заснований у 2008 році шляхом відділення медичних і немедичних напрямків медичного факультету Університету Палацького в Оломоуці. Це наймолодший факультет Оломоуцького університету. На момент заснування факультет мав шість інститутів, зараз він складається з 8 інститутів та 2 центрів.